دکتر علی مطهری در نامه سرگشاده‌ای به آیت‌الله جنتی، دبیر شورای نگهبان با اشاره به سخنان اخیر وی در یک برنامه تلویزیونی، "حصر شبیه حبس" موسوی و کروبی را فاقد توجیه قانونی و شرعی و اخلاقی و خلاف اصول متعدد قانون اساسی دانست. 
به گزارش ایسنا، نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی در این نامه عنوان کرده تا زمانی که عملکرد دو طرف حوادث سال 88 در دادگاهی صالح رسیدگی و نتیجه اعلام نشود وجدان جامعه آرام نمی‌گیرد. 
متن این نامه که مطهری آن را در اختیار خبرنگار پارلمانی ایسنا قرار داده، به شرح زیر است:
"آیت‌الله جنتی دامت برکاته 
دبیر محترم شورای نگهبان 
با اهداء سلام، در برنامه شناسنامه مورخ 93.7.25 شبکه 3 سیما مطالبی در خصوص آقایان موسوی و کروبی فرمودید که اگر آنها محبوس نبودند و علیه شما شکایت می‌کردند بعید بود که پاسخ قانع‌کننده‌ای برای دادگاه صالح می‌داشتید. فرموده‌اید "حرکت آنها با حمایت و پشتیبانی جدی آمریکا و اسرائیل بوده است." 
این که پس از برخورد خشونت‌آمیز با یک اعتراض آرام مدنی و تبدیل آن به یک بحران، آمریکا و اسرائیل از معترضان حمایت کرده‌ باشند، دلیل بر این نمی‌شود که آن حرکت از ابتدا با حمایت و پشتیبانی آنها انجام شده است. جناب عالی هم اگر به رویه‌ای در جمهوری اسلامی اعتراض کنید آنها پشت سر شما قرار می‌گیرند. آنها همیشه در فکر استفاده از فرصت‌ها برای براندازی نظام جمهوری اسلامی بوده و هستند،همان‌طور که ما از بحران‌های اجتماعی و اقتصادی که در غرب پدید می‌آید به نفع خود و در جهت تضعیف آنها استفاده می‌کنیم. 
فرموده‌اید: "مسئله، براندازی نظام بود به اسم تقلب." سؤال می‌کنم اگر مردمی بعد از یک انتخابات به نتیجه آن اعتراض داشتند و احساس کردند که مسئولان با برگزاری جشن ملی برای پیروز انتخابات مسئله را تمام شده تلقی کرده‌اند، چگونه باید رفتار کنند که متهم به براندازی نشوند؟ آنها راه‌پیمایی آرام میلیونی انجام دادند، اما این که چگونه پایان آن به خشونت کشیده شد معلوم نیست و مورد مناقشه است. 
فرموده‌اید: "اگر بنا به محاکمه اینها بود هیچ قاضی عادل و آگاهی جز حکم اعدام برای آنها صادر نمی‌کرد." اولا چرا بنا به محاکمه اینها نیست؟ چرا این قدر از محاکمه اینها هراس دارید؟ آیا جز این است که نگران روشن شدن برخی حقایق هستید و تبلیغات چندساله نقش بر آب خواهد شد؟ ثانیا جناب‌عالی بدون آنکه دفاعیات آنها را بشنوید برایشان حکم اعدام صادر کرده‌اید. آیا این امر عدالت شما را زیر سؤال نمی‌برد و مخل عضویت شما در شورای نگهبان نیست؟ اکنون که آنها اصرار به محاکمه خود دارند چرا آنها را محاکمه نمی‌کنید و علاقه‌مند به حصر شبیه حبس هستید که توجیه قانونی و شرعی و اخلاقی ندارد و خلاف اصول متعدد قانون اساسی است. 
جالب‌تر این است که آقایان موسوی و کروبی را با موسولینی دیکتاتور و فاشیست ایتالیا قیاس کرده‌اید که همان‌طور که موسولینی را بدون محاکمه و فقط با شناختن او اعدام کردند، اینها نیز باید بدون محاکمه اعدام شوند. قطع‌نظر از این قیاس مضحک که "از قیاسش خنده آمد خلق را" اساسا مگر معیار قضاوت ما عدالت نیست؟ و آیا الگوی عمل و رفتار ما در حکومت، پیغمبر اسلام و علی علیه‌السلام هستند یا فلان قاضی ایتالیا؟ شما که همه کارهای غربی‌ها را رد می‌کنید چطور این جا طرفدار آنها شده‌اید؟! آیا جز این است که به مذاق و روحیه شما خوش آمده است؟ و این یعنی خلل در عدالت ما. 
فرمودید در ماه‌های اول پیروزی انقلاب به امر شهید مطهری برای قضاوت به خوزستان رفتم. امیدوارم در آن دوره این گونه قضاوت نکرده باشید. 
درباره رفتار برخی اعضای شورای نگهبان در انتخابات سال 88 که از کاندیدای خاص حمایت کردند و برخی انتقاد کرده‌اند، فرموده‌اید "این یک مغالطه است، ‌مهم این است که این طرفداری خود را در رأی خویش اثر ندهند." اما از یک نکته غفلت ورزیده‌اید و آن این که این گونه اعلام حمایت‌ها اعتماد مردم و کاندیداها به قاضی و داور را به شدت کاهش می‌دهد و حتی صلاحیت او را زیر سؤال می‌برد اگرچه او تمایل قلبی‌اش را در رأی خود دخالت ندهد، اتفاقی که در سال 88 افتاد. 
در پایان به عرض می‌رسانم که انتقادات اینجانب به سخنان امثال جناب‌عالی به این معنی نیست که آن دو محصور را مبرّا از خطا می‌دانم، بلکه مسئله، اجرای عدالت است که قُتل امیرالمؤمنین لشدة عدله، و الحق القدیم لایبطله شیء، و تا زمانی که عملکرد دو طرف فتنه سال 88 در دادگاه صالح رسیدگی و نتیجه اعلام نشود وجدان جامعه آرام نمی‌گیرد، و اگر به قول شما بنا بر عدم محاکمه است پس هیچ یک از دو طرف نباید در حصر باشند و البته آنها پس از آزادی، مصالح کشور و انقلاب را رعایت خواهند کرد. مسئله، فراتر از این دو نفر، اصلاح یک رویه براساس عدالت است. امیدوارم حضرت‌عالی به جای کوبیدن بر طبل اختلاف،‌ به حل این معضل که آینده انقلاب اسلامی را تهدید می‌کند کمک نمایید. 
با تقدیم احترام 
علی مطهری